太惨！京都大火已致33人死亡，嫌犯喊出纵火原因，安倍说……(4)

而自2000年后，其开始专注于独立制作动画，把大部分原社内承包动画工作转移到位于大阪的子公司“Animation Do”进行，并于2004年《犬夜叉》系列影集结束之后，终止了大部分的统包业务。
2003年，京都动画开始独立制作动画。曾制作《凉宫春日的忧郁》、《幸运☆星》、《轻音少女》、《甘城光辉游乐园》、《吹响！上低音号》、《冰菓》等多部知名动画。这些作品在引进中国后，也树立起了京阿尼在许多中国动漫迷心中的地位。

《轻音少女》

《凉宫春日的忧郁》