《蓝宝石之谜》讲述了西历1889年一场出乎意料的冒险旅程的故事

《蓝宝石之谜》由Gainax出品，根据凡尔纳《海底两万里》和《神秘岛》改编的39集动画片，直译《不可思议的海之娜蒂亚》。
该作品讲述西历1889年，在巴黎万国博览会会场喜欢发明的少年Jean和马戏团的少女Nadia偶然相遇。遭到意图抢夺Nadia胸前所佩的谜之蓝宝石的格兰蒂斯一伙人的袭击。在格兰蒂斯一伙人的追击中Jean与Nadia出乎意外的冒险旅程开始了。
1889年，世界正处于工业革命蓬勃发展的时代，国与国之间交往密切，距离一下子被拉近。然而贪婪仍是主流，欧洲列强在亚非地区展开掠夺，战争的阴影始终笼罩在世界的上空。当年在法国巴黎举行的万国博览会上，酷爱发明的14少年让(日高のり子 音)结识了来自马戏团的女孩娜蒂娅(鹰森淑乃 音)。黑色的头发、褐色的皮肤以及周身散发的神秘气质令让倍感好奇，而他很快便和娜蒂娅卷入一场纷争之中。钟爱宝石的格兰蒂斯及其两个手下汤姆和汉森对娜蒂娅胸前佩戴的蓝宝石展开围追堵截，他们此时还不知道，这块宝石隐藏着惊人的秘密。在接下来的日子里，让和娜蒂娅围绕这颗宝石展开了一连串的大冒险……

娜蒂娅是整个故事的第一主角，生日为1875年5月31日，她是古代亚特兰蒂斯帝国的公主。古代亚特兰蒂斯人来自遥远的宇宙M78星云，因为亚特兰蒂斯人使用武器进行内部斗争，导致自己本身的星球遭到剧烈破坏无法生存，便背井离乡离开了破败的家乡，乘坐三艘飞船(诺亚方舟)来到了地球，重新建立了自己的文明。出于寂寞和对劳动力的需要，他们创造了属于自己的各种奴仆，在实验了包括鲸鱼等在地球拥有高智力动物的实验品后都不满意，于是有了最后的设计品--人类，人类是按照基因设计出来的产品。第一个人类是个躯壳巨大的早期作品，这就是"亚当"，后来没有办法把它缩得更小了，于是亚特兰蒂斯人决定按照自己的大小来设计，而且为了便于使唤给予了更高一级的智慧。许多年之后，亚特兰蒂斯人因为内部的利益纷争而开始了旷日持久、血流成河的厮杀，由于对先进武器的滥用，最终导致了亚特兰蒂斯文明的毁灭，极少数爱好和平的人乘坐三艘方舟中的两艘(娜蒂亚出生王国塔尔特苏斯，就是建立在方舟"蓝色诺亚"之上的城市，这艘方舟失去了动力;红色诺亚不明踪迹，另一艘就是位于海底墓地的于12000年前灭亡的亚特兰蒂斯王国)离开了是非之地，在一个僻静之所建立了一个新的王国，娜蒂娅正是这个王国的公主，只因为国家内乱，从小就跟族人失散，沦落为马戏团老板的摇钱树，靠卖艺度日，而自己却对身世浑然不知。