起底蔡英文：从学者到独派头子，她还能走多远？(2)

在此期间，她提出了所谓“台湾避开大陆，单独谈判加入世贸组织”的计划（台湾后来以个别关税区的身份成功加入），引起了众人关注。
此时的台湾，已经完成了解除戒严，蒋氏故去的时代，其领导人也换成了李登辉和民进党人陈水扁。
蔡英文在经济谈判中的成绩 以及她坚持李登辉提倡的所谓两岸“特殊国与国关系”（实质上就是两国论），让她的仕途一路风顺。她多次被安排参加两岸之间的交流活动，并负责起草“两岸两国论”相关的方案，可以说是推动分离主义思想的始作俑者之一。

2000年陈水扁上台后，蔡英文被提拔为陆委会主委，是台湾当局对陆政策的决策者之一。她在当时以反对九二共识，提倡两国论著称。但在另一方面，蔡英文也不想放弃与大陆合作赚钱的机会，此时的她曾自称“文化和血缘上是中国人”，支持两岸直邮，直航，通商贸易。
2004年，为了参选“立法委员”，蔡英文加入了民进党，成为了民进党内冉冉升起的新秀，受到陈水扁，苏贞昌等人的“栽培”。
虽然她曾因为陈水扁执政后期的一系列丑闻而暂时下野，但在民进党内，以及支持绿营（民进党等政党，多为独派）人士看来，蔡英文是个“没有丑闻，诚实的技术官僚”。这使得她积累了一定人气，在2008年得以复出，击败了比她资历更深，年龄更大的绿营大佬辜宽敏，蔡同荣等人，两次成为民进党主席。