《投靠女与出走男》讲述的是流浪男主和两位投靠上门女孩的故事

信次郎，见习医生兼见习剧作家，为人正直，巧言善辩。
阿茹，铁匠铺女主人，常被自己的丈夫欺凌殴打。
德川幕府时代，身为商人的三郎卫门很是倚重自己的小妾阿吟，而阿吟也是干练地打点着一切。然而，因为生活中的一些事，阿吟早已想离开这个家。不过，这个时代的日本女性是没有这种权利的。只有被幕府支持的东庆寺能为这些女人提供庇护。正因此，阿吟决定趁着夜色偷偷逃到东庆寺。

同时，身为铁匠的阿茹，因为无法忍受丈夫的欺凌，也决心逃亡东庆寺。夜色中，她听见异响，原来正是被人追杀的阿吟。
就这样，两人一路扶持，艰难赶到东庆寺。
而这时，从东京逃难至此的见习医生信次郎，看见阿茹脸上因长期打铁而起的水痘，无论如何都要帮她治疗。起初，阿茹百般不情愿，却还是没熬过信次郎的伶牙俐齿。

没几天，东庆寺发出的调节信送到了阿茹和阿吟家中，阿茹的丈夫满心怨恨，引发了一场骚乱。而目睹了男人们的为所欲为的阿茹，也暗自下定决心，认真习武保护自己。就这样，阿茹和阿吟正式入了东庆寺。
而寺里的主持法秀师太是位果敢有见识的女性。她教寺内的女人们诵经习武，还照料着她们的衣食起居。