《少年透明人》主要讲述了一个男孩突然发现自己拥有超能力的故事

单亲家庭长大的迈克总是受到同学的欺负，他一直暗恋着同班的女同学斯特，为了参加斯特也会参加的换装派对，他去商店买了一件超人服装，并穿着超人服装出现在了派对现场。没想到，同学为了羞辱迈克，趁机把迈克偷拍斯特的视频给公布了出来。面对斯特的质问，迈克羞愧地逃走了，他希望自己可以消失。

一夜过后，醒来的迈克意外地发现自己变成了透明人，为了上学，他只能将自己包裹得严严实实，可当他看见经常欺负自己的同学就站在学校门口的时候，犹豫许久之后，迈克脱光了衣服，彻底隐形，将同学教训了一番。而后，他更是突发奇想，跟着一堆女孩走进了澡堂，目睹了满屋桃色之后，尴尬的事情却发生了，迈克突然失去了隐形能力，赤身裸体地出现在女孩们面前，引得女孩们惊声尖叫。母亲得知消息之后赶来学校，沉默许久后，她只能劝导迈克，喜欢女孩都喜欢慢慢来。
此事之后，迈克不时会不受控制地隐形起来，而也因此，他意外地得知原来自己是被母亲领养的，心情沮丧的他来到河边荡秋千，却恰好遇见了斯特，斯特见状却没有害怕，反正上前跟他主动交谈，两人结成好友，并以笑脸作为暗号，约定时常见面。之后感情越发亲近，而恢复正常时，迈克也主动为先前所有的不快向斯特道歉，并取得了斯特的原谅。

这天迈克再次去找斯特，不想恰好遇见斯特被人绑走，麦克奋力阻止，却毫无抵抗能力。而带走斯特的人是一帮名为分裂者的组织，他们正在寻找有异能的孩子，错将斯特当成异能者带去研究。