倚天中，少林与武当真的一团和气吗？积怨颇深，斗争堪称你死我活

武当与少林看似一团和气，实际积怨颇深，为了能够主宰新的武林体系，武当与少林的斗争堪称错综复杂，你死我活。

却说宋室新亡，江南士民为了躲避战祸或不愿臣服于蒙元，纷纷逃到西域昆仑山，而由于蒙元对于欧亚大陆的空前征服，使得这个昔日一直处于僻处的苦寒之地瞬时带来了前所未有的发展机会。
昆仑派、西域金刚门、崆峒派，明教等门派充分利用蒙元入侵带来的机遇，乘势发展，不仅填补了因欧阳锋去世后白驼山的衰落，也填补了西域武林的空白，这些帮派积极配合中原武林，参与到抵抗蒙元的斗争中来。
作为中原武林的扛鼎门派少林，由于一直未参与华山论剑，加之火工头陀事件，以至少林元气大伤，几十年不振，又逢全真教崛起，佛道相争，少林屡屡败北，少林江湖地位也岌岌可危。
待到忽必烈即位之后，对佛教日渐尊崇，少林主持福裕禅师更是通过资戒法会，挫败全真教掌教赵志敬，焚道门伪经，从而让全真教一蹶不振，少林也一度受到蒙古王公的宠幸。
少林虽作为中原武林的一份子，但又不愿与中原武林割断来往，明哲保身的少林私下里与蒙元暗中勾结，明面上又与中原武林拉开了距离，以免引起蒙元不快。

就在少林自以为能总领全国佛教，为禅宗领袖之时，不想以八思巴为首的藏传佛教，投效忽必烈后大受重用，令少林众僧望尘莫及。
少林见与藏传佛教争夺禅宗领袖已属无望，便开始重新经营百废待兴的中原武林。
便在此时，埋没多年的旷世武学秘籍《九阳真经》意外地在梵文抄本《楞伽经》中被发现，并被蒙古武士潇湘子和尹克西所盗取，以至其中的部分内容流传开来。