他创建的队伍，被毛泽东称为“百战百胜的回民支队”！(3)

得知母亲牺牲的消息，马本斋强忍悲痛写道：“伟大母亲虽死犹生，儿承母志，继续斗争！祖国就是我的家，党就是我的母亲，为了他们，我决心献出我的一切！”
1937年至1944年，马本斋率领回民支队奋勇杀敌，经历大小战斗870余次，歼灭日伪军3.6万余人。他们炸桥梁、破公路、打伏击，采用“推磨战术”“牛刀子钻心战术”等，在广阔的冀中平原和冀鲁豫边区屡建战功。其中，康庄伏击战采用“引蛇出洞围点打援”战术全歼敌人，自己无一伤亡，被列入当时抗日军政大学的教学案例。
冀中军区为回民支队颁发锦旗，表彰他们是“无攻不克，无坚不摧，打不垮、拖不烂的铁军”。毛泽东主席也亲笔题字，称赞马本斋带领着一支“百战百胜的回民支队”。

1943年底，在参加冀鲁豫抗日根据地反蚕食战斗时，马本斋颈后长了毒疮。但由于战事繁忙，加之缺医少药，未能及时治疗，病情逐渐加重。
1944年1月底，回民支队奉命开赴陕西延安。出发前，马本斋抱病为部队作了最后一次动员，叮嘱同志们“要跟着党，跟着毛主席，抗战到底！”

同年2月7日，马本斋在冀鲁豫军区后方医院病逝。
1944年3月17日，延安各界举行马本斋追悼大会，群众自发前往悼念。