《女神异闻录3携带版》：可以角逐“天下第一”称号的，远不止P5(5)

在战斗中，“命令指示”也是一个十分重要的系统，玩家可以在迷宫探索时通过下令队友散开来提高迷宫探索效率与角色升级效率，也可以在战斗中通过给队友下指令来实现更有效率的战术或是单纯节省战斗时间。
本作的迷宫中包含许多不论场景风格还是敌人种类都大不相同的区域，每当玩家探索完一层迷宫之后，都可以选择回到大厅恢复状态或是直接进入下一层。
游戏看似用敌人等级将玩家每次可以探索的层数都限制在了一个固定范围，但实际上你可以在一次探索之内就通关目前已经开放的所有区域。
只不过每当玩家通关一个区域后，只能来到这个区域的顶层，只有当特定的日期到来时，玩家才会解锁全新的区域。

和《女神异闻录5》一样，三代游戏的剧情也是以日期流逝为推进的，在经历了一开始较大篇幅的新手期铺垫之后，玩家将会在解锁存档功能与其他游戏系统的同时，也解锁自由搭配课后时间的功能。
假如玩家以远早于剧情点的日期提前通关了现有的迷宫区域，那么就可以将后续的时间全部安排用在属性成长上。