尼奥来到核心，原来一切都是程序设计《黑客帝国2：重装上阵》(3)

挡子弹特技
锁匠将系统大门的结构一五一十地交代了。在一栋保卫森严的大楼，有无数的门，那扇核心的大门，只有救世主用他的钥匙才能打开。而且必须切断城市电源和备用电源。不然打开门，大楼会爆炸。

行动开始，另一艘飞船的人按计划把发电站摧毁，还有一艘飞船原本要去摧毁备用电源，结果半路被袭击，没成功。女主赶紧进矩阵关闭备用电源，总算在最后一刻成功。男主这边路上遇到史密斯，史密斯射杀了锁匠。锁匠临死前把钥匙给了男主。

构架师
终于进入到了系统的核心，眼前是一个白发的老翁，他是整个系统的构架师。他告诉了男主真相。
人类有先天的缺陷，无论如何都会把自己给毁灭。所以之前的矩阵都失败了。有一个专门研究人性的程序，先知。他和先知共同设计了现在的程序。每次指定一个救世主，经过一系列的安排，进入核心，然后锡安会被摧毁。救世主带着16名女性和7名男性重建锡安。当锡安城内被拯救的人满后，新的救世主出现，毁灭，重建。如此往复，达到最完美的平衡，避免系统的崩溃。
在男主之前已经有五个救世主了，但男主很特别。构架师给了他两个选择，一扇门通往源头可以拯救锡安，另一扇回到矩阵可以救女主，但是锡安会被毁掉。
男主没有犹豫，直接出门去矩阵救女主。女主被特工给打中了，命不久矣。男主直接用手，把子弹强行捞了出来，救活了女主回到现实世界。
男主将这一切告诉了墨菲斯。原来大家都是棋子，我们努力争取的一切不过都是过眼云烟，难道这就是人类的命运了吧。此时几只电子乌贼追了过来，大家赶紧逃跑。就在关键时刻，男主似乎有了异样的感觉，他似乎能连通这些电子怪物，一个神掌将乌贼们击倒在地。男主是被系统创造出来的救世主，那么它也属于系统的一部分，当然是有一定的能力能控制这些乌贼了。