形势变化，苏联国土防空军进行重组，开始组建防空导弹部队

接上文 面对美国空中核威胁，苏联调整防空组织结构，防空军成为独立军种
根据苏联政府第1040-444сс号法令和苏联国防部长1954年6月14日的命令重组了国土防空军的结构。新的结构包括所有基本防空兵力，并沿国界规定了责任界限。代替之前编制中防空区的是恢复二战后期解散的那些曾经的作战编队（防空军区和防空集团军）和作战战术编队（防空军和防空师）。具体组成取决于它在防空系统中的位置，保护目标数量、覆盖程度和目标的重要性。
防空区部署在几个军区的领土上，责任区边界与军区边界并存，边境军区司令被赋予直接领导和负责其领土上的防空任务。军区范围内的国土防空军所属防空集团军（军）指挥官受军区司令指挥，按照总参谋部1954年12月8日指令，他们担任军区副司令负责防空。一个例外是远东方向，军区司令继续全权负责其区域的防空。当时共建立了两个防空区-中央（很快更名为莫斯科）和巴库，之前隶属两个防空区的防空歼击航空兵第52和第42集团军依然分别隶属，此外莫斯科防空军还辖有1个防空集团军。

50年代防空军优秀服役人员纪念章
原先的列宁格勒特别防空集团军和基辅与乌拉尔防空集团军重组了相应的防空区域。原先的防空歼击航空兵第25集团军（列宁格勒）、防空歼击航空兵第16军（基辅）和第49军（斯维尔德洛夫斯克）撤销番号，相关人员则充实到相应防空集团军。以顿巴斯防空区和防空歼击航空兵第32集团军为基础组建了北高加索防空集团军，以共青城-哈巴罗夫斯克防空区和防空歼击航空兵第50军为基础组建阿穆尔防空集团军（哈巴罗夫斯克）。除了7个防空编队（2个防空区和5个防空集团军），组建了北方、白海、波罗的海、明斯克、利沃夫、敖德萨、塔夫里切斯基、哈尔科夫、外高加索、喀山、古比雪夫、土耳其斯坦和外贝加尔防空军，组建了新西伯利亚和契卡洛夫（今奥伦堡）防空师，以及三个防空局。这些措施并没有解决所有问题。防空力量和手段仍然支离破碎。