形势变化，苏联国土防空军进行重组，开始组建防空导弹部队(2)

防空区隶属于国土防空军总司令，歼击航空兵在作战行动时属于军区的一部分，由军区司令统一指挥负责防空任务。
防空集团军和防空军作战指挥上除了隶属国土防空军总司令外，也由所在军区司令指挥。军区司令负责有效组织军区内的所有防空力量击退敌人的空袭。不过这样的双重从属指挥，影响指挥控制效率，使得防空任务执行效率和质量有待提高。另外一个问题就是只是考虑到将防空集团军与防空军责任区边界与军区的领土结合起来，而没有考虑到潜在敌人的空中攻击手段的发展，对防空力量使用产生了负面影响，特别是歼击机能力的体现。
在防空编队中，歼击航空兵指挥官，防空导弹部队和高炮部队指挥官，以及雷达部队指挥官分别指挥不同类型的下属部队，对指挥效率和质量产生了负面影响。

1956年5月1日红场阅兵中АТ-Л轻型火炮拖拉机拖曳С-60型57毫米高射炮
此外，下属部队与指挥所和防空协会军事部门的指挥官分开控制。这无助于引入自动化指挥和控制系统，并使防空编队和编队之间的互动组织复杂化。无线电工程部队与雷达部队防空编队负责人以及在作战方面对歼击机编队指挥官的双重从属并不能完全确保对歼击机的控制和指导。
由于歼击航空兵部队的一些指挥所和雷达站的布置不合理，在1个机场会有多达4个指挥所，这样实际指挥导致无法完全实施有效指挥。
在后勤方面，最大问题是防空部队是通过军区和炮兵总局（自1960年11月起为苏联国防部火箭和炮兵总局）提供后勤保障。这样的结构没有考虑到国土防空军作为持续战备部队的特殊性，这可能导致随着敌对行动的爆发而使得后勤供应中断。
为了增加防空歼击航空兵航空团的战备和飞行人员的培训，自1954年以来，航空兵团采取二线制度。第一线的团旨在防止敌机侵犯苏联领空，驻扎在边境地区，并配备了一级和二级飞行员。二线团驻扎在内陆地区，旨在训练年轻飞行员达到二等和一等飞行员水平。
为了保护莫斯科免受空袭苏军开始装备С-25防空导弹系统，为此组建了4个军，都隶属莫斯科防空区，在整合了所有最新防空装备用于保卫首都之后，1955年7月15日苏联国防部长命令成立特别防空第1集团军。