抗战时期，一家三兄弟都当了司令，后人受邀到北京参加大阅兵观礼(4)

1938年4月，发展日益壮大的五军，军队人数已经达到了5000余人，马耀南出任五军司令。彼时，五军已经经过统一编制，下辖七个支队，每个支队下又设有30个中队。马耀南的三弟马先民任第一支队司令，他的二弟马晓云则任第七支队司令。正是在这段时期，那首传播很广的民谣形成，而其中称他们“得了抗日病”的意思，是指他们兄弟三人，当时心无杂念，一心抗日救国保卫人民，百姓对他们的爱戴发自内心。
五军在此后的两个月里，频繁出击，对多地的日寇据点发起进攻，并炸毁了日寇几条军用火车和铁轨，对日寇进行打击。6月，五军正式改编为八路军第三支队，马耀南出任司令。随着这次改编，第三支队的战斗力和凝聚力更强了。但有一些人只考虑自身的利益得失，却并未因为队伍壮大而感到高兴。
张景南和高竹筠因为在改编过程中没有得到晋升而心存怨恨，勾结沈鸿烈投靠到国民党顽固派中，不仅不积极抗日，反而在叛变后带人偷袭三支队司令部，好在马耀南亲自率部抗敌，坚持到时任七团长的马晓云率军来援，这才突出重围。
马耀南虽然是司令，但是从他的经历来看，应该算是一个文人，因此也有人称马耀南是儒将、书生将军。马耀南为了加强军事学习，每天天还没亮就早早起床。三支队的副司令名为杨国夫，是一位曾经参加过长征的优秀军人，在军事方面有很多经验。为了快速提升战士们的作战水平，他利用清晨的时间办了一个军事班，专门给战士们讲解军事知识。马耀南每日早起，就是为了参加这个军事课，而且他从不搞特殊化，每次学习的时候和其他的战士坐在一起，拿起笔和本认真的学习记录。
马耀南本身具备很高的文化基础，学起军事课来事半功倍，不久后就具备了很高的军事才能。他与警卫部队曾遭到数百人的伪军包围，马耀南根据情况作出安排后，杀得日伪军四散溃逃，马耀南率部击毙日军20余人，日伪军100余人，一时间军威大振。
1939年6月，一直以来给日寇多次痛击的三支队引起了日军的注意，日军获得三支队的位置后，短时间内聚集了近5000余兵力，准备对三支队进行大规模进攻。日军这一次的兵力很多，而且武器配备也很充足，汽车、大炮全都有，其险恶用心昭然若揭。
三支队被围困在邹平县刘家井一带后，立即与日军进行了激烈的对战。面对敌人强大的火力，马耀南率领三支队上下齐心，顽强抗击日寇的多次冲击，并与敌人发生多次肉搏战。但由于敌我实力悬殊，马耀南在战后率三支队撤离战场，转移到桓台县牛旺庄。