《黑客帝国》是一部克苏鲁式机械神，支配地球的科幻动作片(3)

我认为作者的意思也许是这样，Zion 是机器人造的，自然有它的蓝图。吃下红色药丸的人来到Zion ，都是以「后来者」的身份，却没有人真正看见它是怎么建起来的，Zion 的动力源自机器也进一步验证了这一点。
既然Zion 真的是母体用来储存断线人类的实体寄存器，那么高权限的Neo只看到蓝图，不见其人也就可以理解。
最终的一幕大家也看到了，世界reboot几乎是实时的，如果Zion 真的是虚拟数据，为什么要花那么大篇幅去具象化这个服务器被攻塌的过程。

就剧情而言，Zion 城中真实的人类最终有了选择，也可以理解为承认人类自由意志的美好结局。若认为Zion 仍为虚拟，一群人仅仅是做做梦就投票成功，终究没有那么大的震撼力。
最后，从影片我们可以看到无论地上地下都没有非人的有机生物，天气也只有乌云和雷暴（再算上上面的太阳），跟Matrix模拟地球几万亿的生物量，不同地区的天气以及相互间的扰动来比绝对是不值一提。