清军火烧少林寺之谜

明代是少林寺的鼎盛时期，历代明朝政府都非常支持少林寺的发展。寺院所存殿宇多为明代所建，少林寺碑刻中，明代碑刻也超过一半。塔林229座古塔中，已知的明代塔占140座以上，明代少林寺大规模修建，也是明代昌盛的重要体现。明朝的王子中就有八人到少林寺随正道法师出家。少林寺在当时被称为“域内巨刹”。
由于跟明朝政府关系很好，所以少林寺对于明朝也非常支持。正德时期，周友率僧兵守山陕，征讨云南。正德至嘉靖时期，僧兵还参与镇压过刘六、刘七、王堂、师尚诏起义。
嘉靖时，僧兵更是应征奔赴东南沿海抗倭，写下了僧兵史上辉煌的一页。明朝政府遂征集僧兵到东南地区抗倭，少林寺的僧兵由于训练有素，武艺高强屡立战功。顾炎武在《日知录·少林僧兵》中竭力讴歌少林僧兵保家卫国的传奇，他还披露了这样一个史实：在保卫松江战役中，彻堂、一峰、真元、了心四位少林武僧壮烈牺牲，松江人为悼念四位僧人的忠勇，在上海近郊畲山建起“四义僧塔”，供人凭吊缅怀。

跟明朝政府的密切关系曾经使得少林寺获得巨大的发展，但在进入清朝统治后，这种关系就成了少林寺的历史包袱。此外，当时坚持反清复明的天地会往往自称与少林寺有密切关系，也引起了了清政府对于少林寺的猜忌。天地会内部流传的诗句中，就有“武艺出在少林中，洪门事务我精通。洪拳能破西鞑子，万载名标第一名”的段落；在嘉庆年间，还有在江西被捕的天地会成员还供称出身少林寺。在天地会中秘密流传的传说中，清朝初期,清政府曾火烧北少林，方大洪、胡德帝、李式开、马超兴、蔡得沛等五人逃到福建，借莆田南少林掩护，秘密开展“反清复明”活动，称为少林五祖。也有说法认为，是郑成功遣派方大洪、蔡德忠、马超兴、胡德帝、李式开化装至福建莆田，入南少林为僧，拜方丈智通为师。这五人，便是天地会的后身“洪门”的“前五祖”。从目前已知情况看，少林寺在清朝期间并未参与过任何有组织的反清复明行动，天地会的人之所以自称来自少林寺，很可能是因为确实曾有一些反清复明人士在寺庙中托庇过，或者就是想单纯地利用少林寺的威名。