押井守除了《攻壳》外，还有这部动画极其出色(3)

队长又托人去美国调查，发现帆场瑛一在上学时起的英文名，被误传为耶和华。
而另一边，筱原调查之后发现了所有暴走的labour都装了新的程序，几乎可以确定，就是新程序导致了labour的失控。
筱原也发现了所有出现labour失控的地方，都有一些特点：有很多风口、周围比较开阔，这些地方的建筑可以引起室内的建筑共振，进而让附近的labour开始失控。

日本为了填海造地，在海面上设置了一个包办labour维修的工作站“方舟”，而方舟就是这样一种建在开阔地带的建筑，又因为在海上，各处都是风口。
如果几天后就要到来的台风引起方舟的共振，最终会让整个日本东京湾周围的labour全部失控，摧毁这附近的城市！
队长后藤把筱原调查的信息交给上级，但上级只同意替换掉所有HOS程序，不同意拆掉方舟，队长后藤只得派出第二小队去拆除方舟。

虽然第二小队成功拆除方舟，然而打从一开始帆场瑛一的目的就达到了。
因为他给所有labour机器人设定了接收到声音的共振就会暴走的病毒，这个病毒只能通过拆除方舟来破解。
最后虽然避免了人员伤亡，但整个巴比伦计划也停止了，帆场瑛一就像上帝拆毁巴比伦塔一样，暂时阻止了这个计划。