花了上百小时，我们终于找到了废土真正的秘密！「森纳映画」(14)

以上便是我对第一类结局的所有总结，我们试了非常多遍，目前基本能印证这些结局的正确触发。不难看出，许愿石总会以一种充满戏谑和恶意的方式来回应主角的愿望。但还记得博士所说不？许愿石是一个陷阱，这些都是假结局。而另一类，则是主角在了解到真相后，触发的俩个真结局。
主角在许愿石前克制了自己的欲望。想起了博士说的话后，可以在石棺内用之前拿到的解码器，打开一扇大门。而里面的东西才是这一切事情的根源。这是一个巨大的全息终端，在破坏掉能量装置后。一个自称为“C意识”的代表出现在屏幕上，他很轻松的回答了史特洛克所有的问题。
C意识告诉我们，在切尔诺贝利事故发生后。苏联就利用它禁区的特性，在其中秘密进行有关人类思维的研究。苏联的解体后，留在这里的科学家不愿意放弃研究。新独立的乌克兰政府也无力对此进行管辖。这片区域就这样成为了“无主之地”。秘密的研究就这样继续下去了，最终科学家们发现了智慧圈。这是一种无形的能量场，由人类思维连接。科学家们找到了利用它影响人类心智的方法，之后便由七个科学家通过意识相连，创造出了超级意识操控智慧圈。但这却导致了反噬，C意识不断介入智慧圈造成了它的崩溃，而变异区正是这种崩溃的可见形式，让灾难一步步往外延。
从变异区形成的开始，不少人就想进入中心一探究竟。但C意识认为，人类并没有做好面对这些知识的准备。为此还建造了焦脑器，阻止人们靠近核电站。少部分混入其中的人，他们也设下陷阱创造出了“许愿石”，引诱他们前去许愿石前进行洗脑控制。然后把他们集中起来，建立了“黑石”组织从而保护变异区的秘密。
而我们的主角“史特洛克”，实际上在游戏开始之前，也就是第一部作品的前传《潜行者：晴空》中，就已经带着自己的团队抵达了核心区域。C意识察觉到这支由“史特洛克”带领的潜行者们，正一步步朝自己靠近。
“史特洛克”在核心区由于某个意外，导致自己不幸被C意识洗脑。但由于某些错误，C意识并没发现被洗脑的人正是“史特洛克”。它依然认为这群潜行者即将威胁自己的安危。