至少两次“走出非洲”，这一方法重塑了现代人类史前基因交流史(2)

这也是长久以来各种方法的尝试都未取得良好效果的重要原因。
出于对这些问题的好奇与研究热情，我们研究团队在前期研究的基础上，专门设计了一种寻找远古人类基因渗入片段，基于渗入片段长度推断远古人类基因渗入历史的方法——ArchaicSeeker 2.0。
相比于其他方法，新方法有如下三个优势：
首先，该方法通过渗入片段搜寻算法，可以从海量的现代人基因组数据中，快速鉴定潜在的渗古人类基因序列，并能精准判定每个片段的大小和确定边界；
其次，该方法在判定基因渗入片段的祖源过程中不依赖于是否具备已知的远古人类基因信息；
第三，基于新方法的历史重构算法，不依赖于海量计算机模拟，即可有效地重构极为复杂的基因渗入历史。
新方法的这些独特优势在计算机模拟数据和实验数据分析中得到了系统的评估与确证。结果表明，在远古人类基因片段的判定方面，新方法达到了超过90%的准确率，而误判率仅为约0.14%。在几乎所有的模拟实验中，至少80%以上的推断的古人类片段都能被匹配至正确的祖先上。同时，新方法在遗传混合事件次数、基因渗入比例和遗传交融发生的时间估计上也有良好的表现。
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现代人类或至少两次“走出非洲”
我们研究团队借由该方法分析和探讨了东亚、南亚、欧洲及大洋洲的现代人群与尼安德特人、丹尼索瓦人之间基因渐渗、共同演化的历史重构等一系列重要问题。研究团队进一步将该方法应用于分析全球人群基因组公共数据，从现代人类基因组中检测远古人类的基因序列并在更精细的尺度上重构史前人类在欧亚大陆的迁徙和基因交流历史。
早前研究表明，非洲以外的现代人类基因组中存在少量尼安德特人、丹尼索瓦人等远古人类的渗入基因序列。然而不少关键的问题，如这些基因片段是何时、何地以及经由哪种远古人类渗入现代人类基因组，尚有较大争议。
利用ArchaicSeeker 2.0方法，研究团队对东亚、南亚、欧洲、大洋洲以及现代亚欧人类祖先乌斯特-伊斯姆人与尼安德特人、丹尼索瓦人的混合时间、次数进行估计。结合考古学证据，研究人员从时空尺度上重构了现代人类和远古人类的遗传交融历史。通过新方法分析，从现存人群（居住在岛屿上的土著人除外）的基因组数据中能够辨别出两次疑似丹尼索瓦人的基因渗入，以及两次疑似尼安德特人的基因渗入。
之前关于古人类与现代人类遗传混合的研究，大多基于现代人类“单次走出非洲”的模型。然而我们研究团队发现，“单次走出非洲”模型与大洲人群与尼安德特人、丹尼索瓦人的混合时间与次数存在矛盾，目前的数据需要至少两次出非洲迁移事件才能较好地解释。一次较早的“走出非洲”迁徙发生在距今约6万至12万年前，而较晚近的一次发生在距今6万年以后。