巴西1.1亿年前的“四足蛇”化石实际上是一种海洋蜥蜴(22)

通过对从古人类遗传交融的分析视角，重新审视长期以来建立的人类演化模型，是否应该修正或者改变我们对现代人类演化历史的认知?
与古人类的遗传交融对现代人类遗传和表型多样性产生哪些影响?特别是这些古人类基因片段具有什么样的进化和医学意义?
曾经发生在史前的基因交流，站在现代人类的立场，可视为远古人类对现代人类的基因渗入。由于基因渗入事件发生的时间比较久远(距今3万至10万年前)，古人类的基因片段由于基因重组往往碎片化为平均长度只有几万个核苷酸的DNA序列(人的基因组为30亿核苷酸长度)，并且极度分散于现代人类基因组中。相比之下，近期的族群遗传融合(如美国黑人、南美拉丁裔人群)动辄几百万核苷酸大小的祖先片段，比远古人类渗入的基因片段长了近百倍。除此之外，经过现代人类基因库几万年的重组稀释，远古人类基因片段总体上通常只占现代人全基因组序列的1%至2%。极低的频率，极短的长度，和远古人类基因组数据的缺失等诸多因素，都增加了从现代人类基因组序列中搜寻和鉴定远古人类基因片段的难度。而基于这1%至2%的基因渗入信息推断史前人类的历史，则是一个更加富有挑战的问题。
这也是长久以来各种方法的尝试都未取得良好效果的重要原因。
出于对这些问题的好奇与研究热情，我们研究团队在前期研究的基础上，专门设计了一种寻找远古人类基因渗入片段，基于渗入片段长度推断远古人类基因渗入历史的方法——ArchaicSeeker 2.0。
相比于其他方法，新方法有如下三个优势：
首先，该方法通过渗入片段搜寻算法，可以从海量的现代人基因组数据中，快速鉴定潜在的渗古人类基因序列，并能精准判定每个片段的大小和确定边界;
其次，该方法在判定基因渗入片段的祖源过程中不依赖于是否具备已知的远古人类基因信息;
第三，基于新方法的历史重构算法，不依赖于海量计算机模拟，即可有效地重构极为复杂的基因渗入历史。
新方法的这些独特优势在计算机模拟数据和实验数据分析中得到了系统的评估与确证。结果表明，在远古人类基因片段的判定方面，新方法达到了超过90%的准确率，而误判率仅为约0.14%。在几乎所有的模拟实验中，至少80%以上的推断的古人类片段都能被匹配至正确的祖先上。同时，新方法在遗传混合事件次数、基因渗入比例和遗传交融发生的时间估计上也有良好的表现。
现代人类或至少两次“走出非洲”