磷酸化蛋白组学系统分析揭示“脑肿瘤”病理机制及新药物靶点研究(2)

研究结果
1. 实验分组
（1）对照组：3个样本，正常小鼠脑组织；
（2）PDGFRA: 4个样本，PDGFRA诱导的胶质瘤；
（3）NTRK: 3个样本，NTRK诱导的胶质瘤；
2.技术路线
（1）组织学分析：HE染色
（2）组学分析方法：蛋白组学、磷酸化组学、转录组学
（3）基因表达：RNA测序
（4）其它方法：TMT标记反相LC/LC-MS/MS， TiO2磷酸肽段富集技术，CRISPR-Cas9
研究结果
PDGFRA 与NTRK在转录、蛋白、磷酸化水平有着不同表达模式
根据多组学数据对正常脑组织、NTRK、PDGFRA进行分组，在蛋白组、磷酸化组、转录组水平，三组样本被PCA前两种主成分区分开,并且同组样本聚类到一起。（图1.a,b）转录组和蛋白组的关联性， 鉴定到的蛋白占可信mRNA（FPKM > 1)的比例为84%。（图1.c），转录组和蛋白组表达水平表现出中等程度的相关性（R^2 = 0.5)。

图1
多组学分析鉴定出HGG的调控网络和关键的调控因子
WGCNA鉴定出不同表达模式的蛋白聚类（WP-C1至WP-C5）和磷酸化蛋白聚类（PP-C1至PP-C5),对其中WP-C1和PP-C2进行通路富集分析和通路-通路互作网络分析（图2.a）。利用IKAP算法根据底物磷酸化水平估测蛋白激酶活性，进行聚类并呈现出与部分磷酸化聚类相似的表达特征（图2.b），构建激酶-激酶信号转导网络（图2.c）。利用蛋白组、磷酸化组、转录组数据进行转录因子（TF）分析，筛选出23个功能活性改变的TF（图3.a）。构建激酶-转录因子-目标基因信号转导网络（图3.b）。