俄罗斯国家级自然保护区的阿穆尔虎“灰姑娘”第四次产仔(26)

举例来说，重要的B.1.620变异株最早是2021年4月在立陶宛发现的，但根据学者追溯，其起源是在中非，当地有些国家一直苦于基因体监测量能有限。该假说继续推测，尽管该变异株可能在当地盛行，但一直没有人发现，直到出现了在欧洲和喀麦隆、马利之间旅行的病例，才为人所知。
然而，拉斯姆森却认为，这种假说可能不适用Omicron。 「我认为这不太可能，因为地球上没有很多族群是孤立到那种程度的。」她说：「〔长期下来〕我们一定会看到Omicron的先祖出现在族群中，也一定会在某个时间点被基因监测抓出来。」
Omicron是由动物宿主产生的吗?
另一方面，中国科学院的遗传学家钱文峰(Wenfeng Qian)则怀疑Omicron是在动物身上演化出来的──最有可能的就是小鼠和大鼠。过去这一年来，SARS-CoV-2感染过宠物猫、狗和雪貂，肆虐貂繁殖场，还扩散到动物园的老虎和鬣狗以及北美洲森林中的白尾鹿。
尽管一开始小鼠并不是SARS-CoV-2的好宿主，因为啮齿动物细胞表面的蛋白质受器会阻挡病毒的结合和进入，但有一项研究显示，较新的变异株如Alpha、Beta 和Gamma的棘蛋白上都有一个名为N501Y的突变，让新病毒可以在实验室测试中感染小鼠细胞。 Omicron也有这个突变。这个变异株里也还有好几个其他突变跟啮齿类的适应有关。
钱文峰和同事研究了Omicron基因中的45个突变，包括N501Y，他们指出其中某些突变符合通常从小鼠身上演化出来的冠状病毒变异株。他们也发现Omicron前身的突变特征，和人类宿主身上演化的SARS-CoV-2所观察到的模式不一样。 RNA病毒，包括SARS-CoV-2在内，在感染人类、并在人体内演化的时候，通常会累积更多突变，突变中的基因砌块鸟嘌呤(guanine)会被脲嘧啶(uracil)取代──也就是所谓的「G变U突变」。但Omicron前身的G变U突变数量有限，让钱文峰认为这个变异株是在动物宿主身上演化的。不过就这种病毒来说，「我们无法辨识出到底是哪种动物。」他说。
SARS-CoV-2有可能是从感染的人类跳到小鼠或大鼠身上，在小鼠间传播，并演化成Omicoron然后感染了可能接触到这些动物的人类。这可能跟貂农场员工的案例类似，貂先是从被人类传染COVID-19，然后突变版的SARS-CoV-2又在貂之间流行，最后感染了养貂的人。