解析表观遗传学的工具——ATAC-seq（一）(7)

通过上面的介绍相信大家对ATAC-seq这个技术了解的已经比较清楚了，那么这个技术有哪些方面的应用呢？下面我们先简单看看，后面再给大家结合文献具体去看！
6、ATAC-seq的应用
6.1 核小体定位
核小体定位是ATAC-seq最常见的应用。
6.2 鉴定重要转录因子
根据原理可以知道，ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。
6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子
常见的染色质开放区主要是基因上游的启动子和远端的调控元件比如增强子和沉默子，而ATAC-seq可以识别染色质的开放区，因此，ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子。
6.4 多组学联用
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。
6.5 绘制染色质开放性图谱
6.6 寻找转录因子调控的靶基因
小远叨叨关于ATAC-seq的介绍我们就先将讲这么多，相信大家看完这篇文章对ATAC-seq都会有一个清晰地认识，后面伯小远会结合具体的文献给大家讲一讲ATAC-seq的应用，感兴趣的同学可以继续关注哦！
References：
陈敏, 张峥, 孟紫媛,等. ATAC-seq在复杂疾病研究中的应用进展[J]. 遗传, 2020, 42(4):7.
Ackermann A M, Wang Z, Schug J, et al. Integration of ATAC-seq and RNA-seq identifies human alpha cell and beta cell signature genes[J]. Molecular metabolism, 2016, 5(3): 233-244.
Bártová E, Kozubek S. Nuclear architecture in the light of gene expression and cell differentiation studies[J]. Biology of the Cell, 2006, 98(6): 323-336.