解析表观遗传学的工具——ATAC-seq（一）(6)

4、ATAC-seq利用双端测序技术绘制核小体的定位和占用图谱。双端测序可以对DNA片段的两端进行测序，使基因组重复区域的reads比对更加准确。
5、ATAC-seq的重复性，比MNase-seq和DNase-seq的更强，操作起来也更加简便，而且只需要很少的细胞/组织量，同时测序信号更加好。
6、单细胞测序技术是近几年研究的热点，通过对单细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等技术无法进行单细胞测序，而ATAC-seq经过实验验证是可以进行单细胞测序的。
4.3 ATAC-seq技术的局限性
1、Tn5转座酶通过“剪切和粘贴”机制，同时用测序标签对DNA的未保护区域进行片段化以及标记。每个DNA片段两端的测序引物接头都是随机的，这导致一个片段两端的测序引物相同的概率为50%，从而产生一半不可用的片段进行后续的富集、扩增和测序。
2、研究表明，没有核小体和转录因子的“裸”DNA更容易被Tn5转座酶剪切。此外，Tn5转座酶倾向于在转录因子结合区域进行结合和切割，从而导致部分转录因子信息的丢失。所有这些缺点使得ATAC-seq难以检测转录因子的足迹，而这可用于识别转录因子的潜在结合基序。
3、由于线粒体DNA的存在，通过ATAC-seq获得的数据不可避免地包含一些线粒体reads。根据细胞类型，ATAC-seq数据可能包含20-80%的线粒体测序reads。
5、
ATAC-seq与ChIP-seq的区别
在前面的文章中伯小远给大家详细介绍过ChIP-seq，那么今天介绍的ATAC-seq与ChIP-seq有什么联系与区别呢？毕竟它们都是研究表观遗传学的技术手段，总得拿出来比一比不是吗？
要看这两个技术之间的区别，先来看看它们之间的联系，这两种技术都可以用来研究转录因子与启动子的结合，但是这两个技术之间存在一些区别：ChIP-Seq技术在实验之前就有一个明确感兴趣的转录因子，也就是研究者需要对某个表观遗传学机制所起的作用有一个初步的想法，然后根据目标转录因子设计抗体去做ChIP实验拉到与其结合的DNA，验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用；而ATAC-Seq技术没有落脚到具体哪个转录因子，也就是不涉及某个具体的表观遗传机制，是在全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感兴趣的调控因子。许多研究人员已开始使用ATAC-Seq作为初步筛查方法来鉴定样品之间染色质可及性区域的变化，然后据此进行后续实验。