解析表观遗传学的工具——ATAC-seq（一）(5)

表1 几种测序方法比较(Sun et al., 2019)。

对于得到的结果，从下图中可以看出ATAC-seq出来的结果，和传统方法出来的结果具有很强的一致性。

图4 在典型实验条件下进行的染色质可及性分析的示意图(Tsompana et al., 2014)。
注：从图中可以看出，TF与裸露染色质的结合会降低染色质区域的开放性。DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息，在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹（Footprint）。但由于ATAC-seq技术的限制（当转录因子结合DNA时，会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割，所以会形成一个保护区域，reads无法富集到中间的部分），凹槽的辨识度不高，难以用来做足迹分析，也就是TF与染色质的结合研究。
4.2 ATAC-seq技术的优点
1、转座酶方法可以将实验时间缩短至2-3小时，通过简单的酶促反应实现DNA片段化，避免了繁琐传统的DNA片段化、末端修复以及添加测序引物。
2、简化的实验过程减少了样品制备的时间，减少了误差的概率，显著提高了实验的成功率和重复性。相比而言，DNase-seq和MNase-seq实验通常需要2-3天，FAIRE-seq实验通常需要3-4天。
3、样本量至少减少了1000倍，从100万个细胞（FAIRE-sesq）和5000万个细胞（DNase-seq）减少到大约500个细胞。当样本采集具有挑战性时，这一优势尤为突出。