Blood(IF22.1)｜组学大牛MatthiasMann利用DIA蛋白组发现……(3)

图2 PLCG1是AML1-ETO的靶点
3. AML1-ETO与非编码元件的结合对PLCG1的表达至关重要
Chi-C实验确定了几个与PLCG1启动子区域结合的基因组区域，为更一步验证这些区域在AML1-ETO中的作用，研究人员采用CRISPR/Cas9技术，在AE-阳性 Kasumi-1和 SKNO-1细胞中，敲除PLCG1启动子-128kb区域的与AE结合的500bp基因片段，发现PLCG1的mRNA表达量下降。进一步添加抑制剂阻止RNA聚合酶II招募于增强子区域，也发现PLCG1的表达量显著降低。最后，研究人员采用CRISPR/ cas9敲除白血病活性所必须的转录因子，发现转录因子JUN、FOS和CREB的缺失将导致PLCG1 mRNA和蛋白表达量显著降低，ChIP-seq实验进一步发现AML1-ETO的缺失导致JUN与PLCG1启动子的结合减少。以上结果说明，AML1-ETO与信号响应因子AP-1和CREB是AE细胞中PLCG1高表达所必须的。

图3 AML1-ETO结合非编码元件影响PLCG1的表达
4. AML1-ETO诱导的细胞功能依赖于PLCG1
为评估PLCG1的功能重要性，研究人员在skno1细胞、Kasumi-1细胞中分别采用CRISPR/ cas9技术对PLCG1基因敲除或用RNAi对PLCG1基因敲低，发现细胞增殖能力下降，且PLCG1的基因失活导致诱导分化的骨髓标记物如CD13和CD14的表达增加。研究人员进一步对PLCG1缺失Kasumi-1细胞进行转录组分析，发现与骨髓分化相关的基因上调，与增殖、干细胞干性和c-Myc靶标相关的基因下调，此外，被AML1-ETO抑制的基因在PLCG1敲低后显著上调。这些结果表明，PLCG1缺失逆转了人类AML细胞中AML1-ETO融合引发的基因表达变化。