“法界缘起”侧重宇宙的真实存在相状问题，那“性起”呢？

法藏如上之义与智俨所谓的“本有”“本有修生”的说明是一致的，都是指清净之“性”先天发用，即清净之觉性的显现及其所生起的出世间法。法藏在《华严经探玄记》中曾表示，他对智俨所认为的“本有”“本有修生”符合“性起”之义表示认同。

这也就是说，法藏在第五门中提到“性起”亦是局限于净法的范围气但是，法藏在第六门“染净门”中，在重申“染属无明，净归性起”之后，又作出了进一步的申论：染法缘起亦被“性起”所摄。之所以说“众生及烦恼皆是性起”，是因为染法缘起也有“净”用：染法为凡夫成佛所须认知、断除的对象，只有凭借妄染之法的断除才能成就佛果。

由此可见，法藏的“性起”确实已经通于染净之法，法藏甚至还云：“一切无非性起”。此或许是对天台宗“性具善恶”之说的理论回应。但学界一般认为法藏的“性起”仅局限于净法，甚至认为“性起”通于染净是澄观才提出的，实为失察。、剩余四门中，第七门“因果门”与第八门“通局门”的主旨在阐明：一切众生皆可有“性起”之事。’此亦是承自智俨而来。除此外，法藏甚至认为，一切有情、非情皆具“性起”之事。在此，法藏提出了“性起”亦通“有情非情”，与天台宗湛然的“无情有性”说有相同之义（湛然的“无情有性”说晚于法藏之说）。但是天台宗的“无情有性”说后来却遭到了澄观的批评，澄观强调：“法性”通于“有情非情”；若约有情则称‘弗性”，若约“非情”则曰“法性”。