一区顶刊：国家肝癌中心用多组学技术解析双阳性细胞轨迹和特征(5)

CyTOF 抗体 panel 的检测范围受限于可用金属同位素的数量，为了进一步探索 DPT 细胞的功能和进化轨迹，作者对 5018 个肿瘤相关 DPT 细胞 (TDPT)、3676 个 CD4 单阳性 T 细胞 (TCD4T)、4470 个 CD8 单细胞进行了分类和执行单细胞 RNA-seq 和 TCR-seq阳性 T 细胞 (TCD8T) 和 4652 个 PBMC CD3T 细胞 （图 5A ），scRNA-seq 分析确定了 11 个 DPT 细胞亚群（图 5B，C）。
为了检查不同 DPT 簇的表型，作者分别根据与 FGFBP2、IFNG 和 HAVCR2 表达相关的前 20 个基因，通过细胞毒性、激活和耗竭特征对细胞进行评分。TDPT_3_CTLA4 和 TDPT_6_FOXP3 都具有高耗竭特征，伴随着低细胞毒性和激活特征（图 5D）。然后，作者检查了所有 DPT 簇中的细胞毒性和耗竭特征之间的联系，并观察到大多数 DPT 簇表现出高细胞毒性特征或耗竭特征（图 5E）。总的来说，TDPT_10_LAG3 在表型上与之前 CyTOF 分析定义的 PD-1DPT 细胞一致。
通过分析 DPT 集群中的 TCR 克隆型，作者发现 TDPT_2_CCR7、TDPT_3_CTLA4 和 TDPT_6_FOXP3 具有最多的不同 TCR 克隆型，且扩展趋势最小（图5F）。相反，TDPT_1_FGFBP2、TDPT_5_KLRG1、TDPT_8_CD70 和 TDPT_11_KLRD1 具有最少的 TCR 克隆型，但具有最高的扩展趋势，观察到DPT细胞的细胞毒性和活化与TCR扩增呈正相关，而未分化和耗竭呈负相关(图 5F）。

图5 | 通过单细胞 RNA-seq 和 TCR-seq 表征肿瘤相关 DPT 细胞
6.源自浸润性 SPT 细胞的肿瘤相关 DPT 细胞